A Reitoria da Universidade Federal de Pernambuco (UFPE) emitiu nota pública no último dia 10 dando conta do processo de desocupação pelos estudantes que invadiram o prédio da administração central em outubro, em protesto contra a adesão da universidade ao Reuni. Eis os termos da nota: "Embora esteja em curso o processo de reintegração de posse da reitoria da UFPE, determinado pela Justiça Federal, no esforço de antecipar uma saída negociada com o grupo de estudantes que ocupou o prédio, o reitor Amaro Lins e sua equipe tiveram, na última quinta-feira (8 de novembro), mais uma reunião com uma comissão de alunos, que se posiciona contra a adesão da Universidade ao Reuni. Na ocasião, chegou-se a um consenso sobre a realização de audiências públicas para discutir o projeto da UFPE; o modelo de gestão do Restaurante Universitário; e o início da Reforma do Estatuto da Universidade. O reitor afirmou que a administração não realizará plebiscito consultivo sobre o Reuni, e que não haveria punição disciplinar aos ocupantes, no caso de desocupação espontânea do prédio da reitoria. O acordado foi objeto de termo assinado pelos estudantes e o reitor. O grupo de estudantes se comprometeu a realizar uma assembléia para ratificar o acordado e, de imediato, comunicar a decisão à Reitoria na mesma noite de quinta-feira. Como a concordância não ocorreu até o presente, perdeu definitivamente qualquer sentido o consensualmente acordado, pelo que a administração aguarda a desocupação através das normais vias legais."
Já na Universidade Federal de São Paulo (Unifesp) foi executada na madrugada do dia 24 de outubro a reintegração de posse do campus Guarulhos, ocupado havia uma semana por um grupo de estudantes que não concordava com a adesão da Universidade ao Programa de Apoio a Planos de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (Reuni). A saída do grupo de estudantes que permanecia no local ocorreu de forma pacífica e o campus voltou à normalidade, retomando as aulas no dia seguinte, logo após o levantamento de eventuais danos aos equipamentos e instalações. A Reitoria da instituição agradeceu o suporte, a calma e a moderação com que funcionários, professores e grande parte dos alunos do campus e de toda a Unifesp mantiveram durante o processo. Igualmente, elogiou a forma tranqüila com que as autoridades conduziram o desfecho da invasão, evitando um potencial conflito, que não interessaria a nenhuma das partes envolvidas.
